Mah a questo punto perchè non ci consigli nginx è un ottimo webserver russo, ma .htaccess mi sembra anche una cosa poco professionale, non solo potresti dare problemi ad alcuni cms che lo usano già .htaccess nella root! Come ad esempio sharetronix o altri che e se gli levi pure i permessi di scrittura come lo sovrascrivono con il loro .htaccess? Dovrei mettere a tutti il public_html e metterlo prima di questa cartella
Quella blackehelm mi sembra una buona idea perchè è sbrigativa e poi solo pochi virtualhost ne hanno bisogno poi posso anche caricarci lib o versioni php modificate apparte, che su quello principale difficilmente posso metterci