Ciao fabribico10 e Benvenuto nel Forum GT.
Purtroppo il tutto dipende da cosa prevede il capitolato di appalto e come è stato redatto.
Se le opere erano previste "a corpo" la ditta non può lamentare sovrapprezzi, a meno che riguardino lavorazioni inizialmente non previste da capitolato che, comunque, andavano concordate tra le parti.
Se le opere erano previste "a misura" la ditta può lamentare modifiche di prezzi in base alla reale entità e quantità di opere previste; ovvio che il committente per essere sicuro deve seguire scrupolosamente i lavori, anche tramite un Direttore dei lavori, e in particolar modo la contabilità di cantiere.

Per quanto riguarda le spese tecniche, spesso impropriamente si affida alla ditta questa incombenza; dico "impropriamente" perchè il tecnico della ditta non farà di certo gli interessi del committente.
In linea di massima dovresti farti documentare in che cosa consistono queste spese. Mi sembra assurdo parlare di spese tecniche per la sostituzione di tapparelle. Forse il lavoro, più complesso, prevede l'espletamento di diversi iter burocratici?