La prima indicazione è che si tratta sempre di reati e, quindi, sempre di penale.
La seconda indicazione è che nei reati perseguibili a querela di parte l'ordinamento prevede un filtro che è appunto quello della querela. Cioè lascia al singolo offeso dal reato la possibilit àdi scegliere se chiedere che ci sia il processo penale o no. Se il singolo lo chiede (ha tempo 90 giorni, salvo casi particolari) allora poi si va in ogni caso al processo, se il singolo non lo chiede il processo non si può celebrare. Si tratta di solito di reati meno gravi (ad esempio: diffamazione, ingiuria, lesioni colpose) che l'ordinamento considera tutelabili solo allorchè lo voglia l'offeso. Se uno mi insulta in mezzo alla strada, io posso decidere che l'insulto è grave e proporre la querela, oppure che non mi interessa e lasciare stare.
Il querelato potrebbe, per assurdo, non venire mai a conoscenza della querela. Se il procedimento viene archiviato per determinati motivi, l'archiviazione avviene sulla base di una decisione presa senza informarlo.
Oppure il querelato può venire a conoscenza della querela quando gli comunicano l'inizio del processo.
Se uno sospetta di essere stato querelato, allora può presentarsi alla procura della repubblica dove ritiene che sia arrivata la querela e presentare una richiesta ex artt. 335 c.p.p.. Se l'indagine non è segretata (e difficilmente lo è per questioni di questo genere) allora sa se la querela c'è o no.

La differenza, semplificando, è nel nome dell'atto, ma in entrambi i casi si va nel penale.
Per la prescizione dipende dal reato.

Giusto, ho sbagliato io:(.
Il certificato di carichi pendenti attesta l'esistenza di processi a carico (quindi attesta l?esistenza o meno di processi penali pendenti in primo grado, in appello ovvero con ricorso in Cassazione a carico di una persona limitatamente al periodo di residenza nella Provincia in cui ha sede quella Procura della Repubblica).
Il 335, invece, attesta l'iscrizione di iscrizioni nel registro delle notizie di reato (?certificato 335 c.p.p?) e consente di conoscere le iscrizioni a carico di una persona per fatti di rilevanza penale, in sostanza le indagini che sono in corso a seguito di denunce, querele ecc... (quindi siamo ancora in fase di indagine).
Quello che serve per conoscere l'iscrizione di denunce-querele è quindi il 335.