Buona l'idea delle directory.
Per quanto riguarda i siti bannati non esclusi dagli indici in parte è vero (ma non è il tuo caso).
La durata delle fluttauzioni è molto variabile, si parla di range di pochi giorni a qualche mese (5-6), quindi è molto difficile fare previsioni.
Un altro consiglio che mi è venuto in mente or ora: controlla i tuoi link in uscita e quelli in entrata (se noti siti poco chiari o comunque sospetti, ti consiglio di togliere i link oppure richiedere al webmaster di togliere il backlink al tuo sito).