Ciao dievel.
Ho usato JoomSEF in passato su di versi siti ma da circa 2-3 anni ho eliminato questa ed altre estensioni seo sef da tutti i siti Joomla, pertanto al momento non ricordo esattamente i comandi e nello specifico se è prevista la disattivazione dei redirect automatici.
La questione della ripetizione mi fa pensare di più a una impostazione di base, cioè da "dove" partire per costruire l'url, probabile che parta dall'url stesso per errore e quindi che faccia *sito/pagina/pagina *invece di sito/pagina. Controlla nelle impostazioni di base, potrebbe dipendere dagli alias dei menu, delle categorie e degli articoli. Non credo invece che dipenda da altre estensioni (ne sono quasi certo, questa è roba di JoomSEF), modifiche al codice o all'htaccess, ma questo è facile da stabilire perché tu saprai se hai apportato cambiamenti.
Per le pagine generate dinamicamente non so, mi spiace. Prova a cercare nella documentazione sul sito dello sviluppatore.