Ciao d3vid,
un sito web, come qualunque opera dell'ingegno, è tutelato dal diritto, per cui, se sei l'autore del codice del sito, questo non è copiabile in alcun modo, altrimenti si commette violazione della normativa vigente.
Se il codice è usato per fare un sito ad un terzo, tutto dipende dal tipo di contratto che stipulate. Se il terzo acquista il sito e il codice, allora non puoi farci niente se lo usa, se invece predisponete un contratto in base al quale il codice rimane di tua proprietà, il terzo non potrà disporre del sorgente.
In genere i contratti per siti web sono contratti di fornitura, per cui non si acquista il codice ma l'uso del sito.
Ovviamente per tutelarti devi anche essere in grado di dimostrare che il codice lo hai scritto tu. Un modo molto semplice è di mettere il codice su un CD e spedirrtelo con raccomandata AR, senza aprire il pacco. Così risulta la data di spedizione come data di riferimento. In alternativa ti puoi rivolgere alla SIAE (che ti offre un sistema di datazione certa).
Come contratto per la fornitura di siti web puoi utilizzare il contratto Open Source della Oscon. Li ti si chiarisce ogni cosa.