Ciao cormanoincoro e benvenuto nel forum,
i tuoi file caricati via ftp non vengono visualizzati nella libreria dei media, semplicemente perchè wordpress gestisce i media come se fossero articoli con un diverso post_type, che in questo caso è attachment. Quindi non essendo presenti informazioni di essi (file) all'interno del database, per il core di wordpress è come se non esistessero.
Spero di averti dato qualche informazione in più.