Ciao Cauldronborn17 e benvenuto nel Forum GT.
Non è molto chiaro quanto da te esposto: intendi dire che tuo zio ha soprelevato il garage senza averne titolo (il proprietario era C), ed abusivamente? Se non ho capito male la vendita della soprelevazione da parte di C a tuo zio è avvenuta successivamente all'abuso? In questo caso come ha fatto il notaio ad avallare la vendita di un immobile abusivo?
Quando C ha ceduto ad A il locale sottostante il tubo era già presente?

Più che di appropriazione indebita parlerei di "abuso edilizio", o, se è tutto regolare, di una servitù a favore dell'immobile soprastante a carico di quello sottostante.

Visto che la situazione è molto intricata, ti consiglio di interpellare un tecnico che, a seguito di sopralluogo in loco e di una ricerca di eventuali autorizzazioni rilasciate dal Comune, possa spiegarti se potrai rivalerti su tuo zio e quindi fargli togliere il tubo che passa nella tua proprietà.

Ciao