Guarda un pò in giro. Ci sono articoli tipo questo, il primo che ho trovato, che spiegano come spostare file sul server tramite form.
Se hai dubbi dopo la realizzazione, chiedi pure.

Pensandoci bene però, da quanto posso aver capito di MySql che non è molto, credo che puoi accoppiare due tabelle solo se gli indici sono esattamente uguali.

Adesso non so a cosa ti serva questo DB, però perchè non provi a ribaltare la situazione e cioè assegnare ad ogni nome di città più prodotti così avrai gli stessi indici tra le due tabelle e poi, una volta estratti i dati, li puoi ancora filtrare per tipo di prodotto. (Ti ripeto che non sono molto ferrato nel settore, però un tentativo si può fare).