ciao br0k3n01, io da un paio d'anni gestisco le campagne di un franchising e uso account diversi proprio per separare i budget. Essendo ogni punto in franchising autonomo finanziariamente dagli altri mi è sembrata la scelta più giusta. Mi capita, per esempio, che un negozio di tanto in tanto "si dimentichi" di ricaricare la carta di credito: in mancanza di fondi si blocca solo l'account del singolo negozio e non vengono penalizzati gli altri.
Se nel tuo caso le campagne le paga direttamente il Franchisor (la casa madre) io opterei per un unico account con campagne diverse per ogni negozio; per quanto riguarda il budget personalizzato, in questo caso, puoi impostarlo te indicando la spesa giornaliera per ogni campagna/negozio.