Sì, la Meta description globale del sito, inserita di default sulle pagine per le quali non è stata indicata una description specifica, crea inevitabilmente delle ripetizioni, a meno di indicare una description specifica su ogni nuova pagina.
Pur essendo generalmente in grado di costruire comunque snippet adeguati, google non gradisce le description ripetute, e infatti le segnala come errori nella funzione diagnostica del webmaster tools, per cui è preferibile omettere la description piuttosto che ripeterla.
Sposto la discussione in joomla! per eventuali approfondimenti sull'uso dei componenti menzionati.