La tua posizione è di lavoratore italiano che ha prestato un servizio all'estero, questi lavoratori in genere pagano le tasse sui redditi percepiti sulla base degli accordi tra il paese di residenza ed il paese dove è stato eseguito il lavoro e prodotto il reddito.

Probabilmente anche un funzionario della Agenzia delle Entrate dovrebbe dedicare un po' di tempo per comprendere il caso, ma credo che l'Agenzia delle Entrate territorialmente competente nell'area di Roma confinante con il Vaticano, potrebbe saperne qualcosa poiché immagino numerosi gli "scambi" in quella zona tra i due paesi. Inoltre chi meglio del tuo datore di lavoro presso lo Stato del Vaticano può fornirti questa informazione, meglio se per iscritto?