Certamente, non vedo problemi.
La questione cambierebbe se si lavorasse come dipendenti per la S.r.l. e, contemporaneamente, si svolgesse la medesima attività in proprio con partita iva. In tal caso sarebbe opportuno chiedere un nulla osta al datore di lavoro.
Ma, nel caso di possesso di quote, non vi sono queste problematiche.