Non sono una superesperta ma vedo che il post è senza risposta allora ti dico la mia...
Visto che wpmu non esiste più, poiché dalla versione 3 wp ha già insito in sé la versione multisito, non penso sia la pena disattivare... non credo davvero che qualche tabella vuota nel db possa appesantirlo!
E anche nell'interfaccia del pannello di wp, hai solo un riquadro in più, SuperAdmin, nel menù in alto...
Io direi... ignoralo e vivi felice!
Solo i miei due cents...
Ciao