Oggi si parla sempre dell'importanza di essere "mobile-friendly" e "responsive web design". Un sito web si DEVE adattare ai vari dispositivi, senza bug o problemi strani nel layout. Quindi è molto più indicata una progettazione di tipo responsive, piuttosto che la cosiddetta "versione mobile" del sito: questa andrebbe a penalizzare alcuni dispositivi, che, per una logica di qualche tipo, si vedono caricare la versione mobile (magari con più limitazioni) rispetto a quella standard,
Quindi, non è che tu debba ricevere penalizzazioni per il semplice fatto di mettere mano al file .htaccess facendo qualche redirect, ma se vai a creare qualcosa di concettualmente "sbagliato" in ottica User Experience, di sicuro una scelta che non è la migliore non potrà darti benefici.
A volte va bene "divertirsi" e "fare esperimenti", ma prima di cambiamenti di una certa rilevanza, verifica quale sia la strada più indicata da seguire.