Non potendo emettere fattura, non si ha nessun titolo per incassare l'iva (che comunque sarebbe dello stato).
Penso invece che, trattandosi di contratto d'appalto o simile, se non è intervenuta prescrizione del credito (mi sembra che sia di 10 anni, ma posso sbagliare) possa rilasciare una semplice quietanza liberatoria (ma solo per l'importo al netto di iva). Se la ditta debitrice non vuole, adirei per vie legali valutando anche i risvolti fiscali che potrebbero esserci.
Può darsi che non ve ne siano a causa di prescrizioni fiscali, ma bisognerebbe verificare le date.