Ciao Chiara,
alla luce di questo nuovo fatto, ovvero il collegamento degli account tramite Google Apps effettivamente la situazione non sembra più tanto semplice. Tuttavia nella guida di YouTube vengono fornite moltissime indicazioni per chi sta avendo problemi di questo genere, a partire dalle Domande frequenti (FAQ) su Google Apps e YouTube, ma poi abbiamo anche una pagina dedicata alle problematiche legate all'Accesso agli account Google Apps e YouTube ed in generale qui puoi trovare tutti gli articoli della guida di YouTube dedicati a Google Apps.

Purtroppo non ho mai usato Apps e non posso offrirti la mia esperienza ma spero che riuscirai a trovare una via d'uscita tramite queste guide oppure il centro di assistenza di Google Apps o YouTube.

Facci sapere,
buon lavoro,
Anna