In questi casi invece che concentrarsi sulla SEO e i motori di ricerca secondo me sarebbe più utile concentrarsi sull'utente.
Io personalmente utilizzo il target blank sui link di approfondimento all'interno di un articolo (sia che la pagina di destinazione sia interna o esterna al sito). Faccio così in modo che l'utente può approfondire subito senza però chiudere l'articolo che stava leggendo, permettendogli quindi di proseguire nella lettura.
Praticamente utilizzo il target blank quando penso che l'utente voglia approfondire, consultare o vedere qualcos'altro per poi continuare la lettura o la consultazione della mia pagina.
Tu hai parlato di penalizzazione...per la pagina che contiene target blank o per la pagina destinazione?! Penalizzazioni sicuramente non ce ne sono...al massimo potrebbe cambiare il modo con cui viene passato link juice...ma dubito anche su questo.