Abbi un pò di fiducia nel tuo commercialista, che sembra stia operando correttamente (per questi aspetti basilari sarebbe strano il contrario...).
L'indicazione dei crediti risulta dalla dichiarazione dei redditi (quadro RX), nella quale puoi decidere come utilizzarli: in compensazione con l'F24 per pagare altre imposte in futuro, chiederli a rimborso o semplicemente riportarli come eccedenze nella dichiarazione dell'anno prossimo.
Quindi dovrai eventualmente indicare i crediti nel modello di pagamento F24 solamente in caso di COMPENSAZIONE di tali crediti con altre imposte a debito; in tal modo comunichi allo Stato l'utilizzo di tutto o parte del credito indicato in dichiarazione.

Saluti

La marca da bollo non è "base" sulla quale effettaure il calcolo della ritenuta di acconto.

Per recuperare il costo sostenuto in dichiarazione dei redditi devi avere l'apposita ricevuta di acquisto valori bollati o in alternativa fotocopiare tutte quelle fatture dove sei obbligato ad apporla.