@midnoise said:

Grazie dei preziosi consigli! Ho trovato del codice php inserito in chissà quale modo che creava un tunneling e l'ho tolto immediatamente; ora tutte quelle pagine vanno dritte in 404.

Occhio: l'errore 500 (Internal Server Error) che vedo tentando di aprire le pagine che hai indicato nel post di apertura, è diverso da 404 (url non trovato).