Io non ho notato cambiamenti di Analytics, ma dubito che avrebbero suggerito con PageSpeed di fare qualcosa che interferisse con i loro script. Comunque credo di potermi autorispondere:
No basta inserire l'htaccess nella root principale.
Il fatto è che testare e RI-testare con pagespeed è poco attendibile in tempo reale perché ha una sua cache che anche se svuoti quella del browser, ti riporta suggerimenti non in linea con i cambiamenti che sono stati fatti pochi istanti prima.