ahhhhhh, scusa!
Te parli di directory-w3 mentre io di w3-directory

L'ho visto adesso! Abbi pazienza...

Google si comporta proprio come fanno gli spider degli strumenti di generazione Sitemaps, considerando diversi url come ..a/b/c/d/pippo.htm e ..b/c/a/d/pippo.htm, nonostante essi portino alla stessa pagina.
In questo modo avrai sicuramente problemi di contenuti doppi, che vanno ad influire negativamente sul posizionamento delle tue pagine sulle SERP Google.

La soluzione si chiama redirect 301 e deve essere implementato lato server, quindi sul tuo sito web: sul forumGT potrai trovare tutte le spiegazioni del caso.