SEcondo me è un problema di velocità di rotazione, dato che i CD vengono letti/masterizzati a velocità molto più elevati dei DVD è probabile che il tuo modello di lettore sia un po' vecchio e ti dia dei problemi appunto nella lettura a velocità alta.
Avevo un lettore dvd che mi dava un problema simile, ascoltandolo da vicino appena inserito il cd avviava la rotazione ma appena il cd ruotava più velocemente e il rumore aumentava faceva un blocco e ricominciava da capo la lettura.