Se vi è emissione di fattura, indipendentemente dall'incasso, l'iva va liquidata in relazione al mese/trimestre di competenza.
In caso di non incasso della fattura, vi è l'obbligo dell'annotazione.
Certamente si potrebbe emettere una pro-forma ed evitare di anticipare l'iva, rinviandola al momento dell'incasso con l'emissione della fattura vera e propria.
In questo caso (pro-forma) non vi è alcuna annotazione da fare.

Si. Anche se li chiami "rimborsi" sono sempre parte del compenso. Discorso diverso per le anticipazioni, che sono solo una "partita di giro" finanziaria, per cui tu anticipi un pagamento che avrebbe dovuto effettuare il cliente.