Scusami, ma non ho capito cosa vorresti realizzare...
...hai un sito dove hai preso spunto da farmi vedere ?

Se non ricordo male dovrebbe esserci un plugin di CB che ha una funzione del genere, read PDF mi pare si chiami...
prova a cercarlo nelle estensioni.

Allora proviamo a butta giù qualcosa.

Il tuo sito ha un template, giusto? Questo lo usi per la struttura generale del sito.
Devi creare un template simile al generale (duplicalo e modificalo) che vuoi usare per la sezione A e per tutte le sue categorie, sottocategorie e singole pagine (che comunque devi linkare anche dal menu principale; al massimo puoi rovare a nasconderle successivamente).
La differenza rispetto al template che tu hai definito per la globalità del sito sta nel fatto che in una determinata posizione del tuo template è inserito il modulo jscookmenu.

A questo punto il tuo menu comparirà in tutte le pagine che vuoi.

Spero di essere stato chiaro e che tu abbia un po' di dimestichezza con la gestione dei template :-).

Ciao!