Ciao,
io per le ottimizzazioni di Joomla uso sh404, che, almeno a detta sua, dovrebbe ridirigere tutte le vecchie url (SEF e non SEF) sulle nuove e Xmap per generare la sitemap xml per google.
L'ho usato anche su siti con un migliaio di pagine e, se la struttura dei linl interni e dei menu è coerente, funziona piuttosto bene.
Ciao