Innanzi tutto, grazie mille per le risposte

No, il tag analytics non è stato toccato, o comunque il front del sito non è stato modificato da mesi.
Oggi stesso ho messo il tag analytics attraverso GTM.

Le visualizzazioni in quel periodo dove la % era bassa si sono moltiplicate esponenzialmente, senza però alterare gli utenti unici, quelli sono rimasti invariati.

Un altro volare che in quei due mesi era sballato è la tempo di permanenza che si aggirava attorno 00:00:30 - 00:00:45, ora è vicino ai 00:02:30

Vi chiedo consiglio su quei due mesi, come mi dovrei comportare, per le future analisi devo gestirli come eccezione?

Grazie

Sarebbe meglio postare l'intero contenuto del file htaccess per capire il più possibile quali possono essere i problemi.
Comunque ti dico in via teorica che le cose funzionano come segue: quando si usa la tecnica dell'url rewrite, per quanto riguarda i files inclusi si possono optare due scelte:

i files vengono inclusi con percorsi assoluti venga utilizzata una espressione che escluda dal rewrite alcuni tipi di files: ad esempio si potrebbe usare una cosa del genere:
RewriteRule .(css|jpe?g|gif|png|js|ico)$ -
per evitare che vengano processati file con le estensioni elencate.

Per quanto riguarda la bontà della tua riscrittura url quello dipende tutto da cosa stai cercando di indicizzare.
Ad occhio direi che io un url del tipo: index.php?idNews=12&view=23 la trasformerei in qualcosa del genere: /notizie/titolo_notizia/
però ripeto, tutto dipende da cosa stai cercando di indicizzare.

Saluti

Benvenuto nel forum buona prosecuzione