Ma dici in sostituzione a quello che ho attualmente? Oppure aggiungendo quelle due righe?

Nel file .htaccess inserisci solo le "due righe" che ti ho postato.

EDIT: Ho testato il link del tuo dominio con le due estensioni .com e .net, e pare che il redirect funzioni alla perfezione.

Mi sembra strano, ho ancora il vecchio htaccess, infatti andando sul .net e sul .com si visualizza il sito del .it, però il dominio visualizzato nella barra degli indirizzi non è il .it ma il net/com.

Ciao, ma hai rimodificato il file .htaccess?

Non ancora, ma le righe che andrei a togliere, come per esempio queste:
RewriteBase /
RewriteRule ^index.php$ -

A cosa servono? Non è che togliendole mi crea qualche problema?

In generale, prima di fare una modifica si crea una copia del file, quindi nel tuo caso crea prima una copia del ".htaccess" e salvala in un file di testo (o dove meglio credi).

Proverò tra un paio di giorni, perché da poche ore è partito un contest e avendo molto traffico e utenti che commentano preferisco rimandare.

Per ora grazie per l'aiuto, appena provo ti faccio sapere come va...

Ho provato con le 2 righe di codice indicate ma non funziona, anche andando sul .it mi dice: "Internal server error"

@DARKF3D3 said:

Ho provato con le 2 righe di codice indicate ma non funziona, anche andando sul .it mi dice: "Internal server error"

Prova a vedere su (aggiungi WWW).giorgiotave.it/wikigt/os/Redirect_301

Ho guardato la pagina linkata e l'unica cosa che dice sul redirect 301 tramite file htacces è questa:
Redirect permanent / old.php http : // www .miosito. com / new.php

Sembrerebbe che serva per cambiare solamente la pagina php, dici che si può usare anche per fare il redirect da .com a .it?