Dovresti modificare il file con i virtualhost di apache, in modo che apache dia una document root in automatico ad ogni dominio da cui provengono le richieste.

Si ma se io modifico quel file dopo non devo riavviare il server?

No, è un sistema dinamico non hai bisogno di fare altre modifiche ogni volta quindi non c'è bisogno di riavviare.

Io ho appena modificato con il gedit default in sites-avaiabile con i virtual host non ho ottentuo nessun risultato, devo riavviare per forza e infatti riavviando apache si è aggiornato, ma per evitare che si debba riavviare come posso fare? Diciamo per evitare che qualcuno visitando resti con pagina bianca, oppure un hacking facendo più riavvii, non esiste qualche riga di comando da terminale per aggiungere il virtualhost senza riavvio oppure aggiornare sempre da terminale senza mandare off-line il webserver.

Non c'è bisogno di riavviare, come ti ho già detto.
In questo modo tu fai in modo che se viene richiesto
miosito.ext vada a finire tutto nella cartella /www/vhosts/miosito.ext/
Se viene richiesto
altrosito.ext vada a finire tutto nella cartella /www/vhosts/altrosito.ext/

Non devi fare nessuna operazione, viene tutto fatto dinamicamente.

Scusa ma come fà apache2, una volta modificato con gedit o con il php con fopen, il file dei virtualhost se non è stato riavviato? Il rewrite non l'ho messo perché nella guida non si capisce molto come fare.

Semmai se si deve proprio riavviare apache2 come seconda soluzione come faccio a comandare apache2 con php o perl di riavviare il server che c'è bisogno di essere admin?

Non devi riavviarlo, perchè non c'è nemmeno bisogno di modificarlo...

Guarda ho seguito la guida a questo link:
w w w .webnet32.com/forum/index.php?topic=489.0
è stata chiara spiega + o - in linea generale cosa fare!
Mi sono auto risposto :IOPP

Avevo pensato sennò di farlo con mod_rewrite però gli utenti hanno un dominio di 3° livello e hanno la cartella con il loro nick,
ES. http : //UTENTE.miosito.com e hanno la cartella
che si chiama /var/www/UTENTE .
Come posso fare?