Se i vecchi URL sono indicizzati, è normale li scansioni periodicamente.
Prova a illustrare come hai impostato i redirect 301. Non lavoro in php/apache, ma magari altri sapranno indicarti l'errore.
Ciao

[php]
#URL SEO GENERICO PERMALINK /news/titolo.html
RewriteRule ^news/([^/]*).html$ /archive.php?action=read&permalink=$1
[/php]

Rischio di prendere una cantonata, non conoscendo l'ambiente/linguaggio, ma ho il sospetto quanto sopra implementi solo l'URL rewrite, non il redirect.
Hai detto che a te in locale i redirect funzionano?

In remota funziona tutto.
il redirect permament lo faccio con le pagine uniche
[php] Redirect permanent /rassegna.php sito.it/index.php [/php]
Google mi scansiona solo alcuni url e non ho capito il perchè.- Ne sono pochi, ma si deve risolvere.

Nessuno sa aiutarmi ?

Ciao, guarda è un problema molto frequente. Tu hai impostato la riscrittura degli url, quindi chiamando quelli nuovi ti visualizza il contenuto delle corrispondenti pagine con gli id.
Ma se google (o tu) richiama gli url vecchi, non avendo effettuato un redirect sul nuovo url, resta sull'indirizzo vecchio che risponde correttamente.

Ti serve calcolare l'url nuovo sulla pagina, esattamente come la stessa funzione che usi per generare i vari menu con i link nuovi. Poi tramite php devi verificare che l'url richiamato sia quello nuovo e non quello vecchio con gli id (e/o altri diversi). Se è diverso da quello nuovo, devi inviare un header col redirect all'url esatto.

Spero di essere stato chiaro.

Ciao,
ho capito cosa intendi,
Ma, se il link è composto così : archivio.php?azione=leggi ecc...
io faccio un if così
[php]
if(!$link)
{
header("Location: ../bla-bla.html");
}
[/php]
Ma come faccio a capire dove lo devo trasportare ?

Inoltre su strumenti per webmaster mi da errore su metadescrizione breve! controllando mi da /Sezione.html mentre sul mio sito è /sezione.html (lettera minuscola) ho controllato tutti i link e portano tutti /sezione.html ho pensato fosse una classe dei css che metteva la prima lettera iniziale grande, ma non ho trovato nulla.

Come devo fare ?
il sito sia con la lettera minuscola che maiuscola funziona, solo che non richiama il case e quindi non trova le variabili descrizione e titolo per questo dice che è breve.

Ciao, guarda ti calcoli l'indirizzo con lo stesso sistema con il quale te lo calcoli per popolare i menu del sito con i link alle varie pagine (io non ho idea di come hai fatto, di solito c'è una funzione che fa delle query al db per vedere dall'id il titolo della pagina e crearsi l'url seo friendly).

Stavolta lo fai prima ancora di passare la pagina al client, in maniera tale da fare l'eventuale redirect. Fatto questo risolverai anche il problema del case-sensitive, che è - a titolo informativo - probabilmente causato da un contenuto nel rewrite, che rende case-insensitive gli url.

Oltre al redirect, ti suggerisco di aggiungere il rel="canonical nell'head dell'html.

Ciao ho eseguito il controllo in un else dell'if del mio sito (era più opportuno) funziona, se trova
archivio.php?azione=leggi&apri=123 lo porta a > /news/titolo-del-mio-sito-123.html

Ho aperto strumenti per webmaster e Google oggi è passato a scansionare il mio sito, ma vedo che il problema delle descrizioni duplicate esiste ancora, come esiste l'errore tag title mancanti ma se apro la pagina e visualizzo l'articolo (codice sorgente) il tag title è popolato, perchè mi da ancora questi errori ?
Nell'header c'è da tempo il canonical, ma sembra non funzionare.

Ciao, ottimo

La rimozione degli errori/cancellazione delle pagine duplicate non è immediata, quindi è normale che ci siano ancora dei duplicati. Il canonical diciamo che è di supporto, ma il redirect vero e proprio è la soluzione madre.
Sul title, non potendo vedere il sito, non so aiutarti.