Urlencode lo fai prima. Serve per "codificare" un testo da inserire in un url.
Non lo fai quando lo devi prendere.

Al contrario, quando devi prendere una stringa da un url e la vuoi "decodificare", usi** urldecode**.

Se hai un testo preso da un form e devi generare l'url via javascript inserendocelo dentro, non conviene usare solo escape, ma una funzione che ti sostituisca tutti i caratteri speciali:
[PHP]function urlencode (str) {
str = escape(str);
return str.replace(/[+/@]|%20/g,
function (s) {
switch (s) {
case "": s = "%2A"; break;
case "+": s = "%2B"; break;
case "/": s = "%2F"; break;
case "@": s = "%40"; break;
case "%20": s = "+"; break;
}
return s;
}
);
}[/PHP]

Detto questo, se devi però inviare del testo (magari di un form) via Ajax, non devi usare il metodo GET, ma il metodo POST, in questo modo non hai bisogno di caricare tutto manualmente all'interno della stringa. Utilizzando il metodo POST, non si verificano errori in merito a "& troncate".
Spero di essere stato chiaro

La funzione che hai postato fa lo stesso lavoro di urlencode ma via javascript in modo che quel testo può essere convertito poi lato server con urldecode?

Cmq già utilizzo POST come scritto nel primo messaggio.

Molto strano che il metodo post ti rovini l'url. Usi jQuery o altri framework?

Si, la funzione javascript che ti ho scritto, funziona allo stesso modo che in php. Non l'ho testata, ma apparentemente dovrebbe fare tutto.

Uso jquery si, ma per le chiamate ajax utilizzo codice normale javascript, questo:

params="pippo="+va1+"&pluto="+var2+"&paperino="+var3;
xmlhttp.open("POST","http(:)//www(.)pippo(.)it/fileajax.php",false);
http.setRequestHeader("Content-type", "application/x-www-form-urlencoded");
xmlhttp.setRequestHeader("Content-type", "application/x-www-form-urlencoded");
xmlhttp.setRequestHeader("Content-length", params.length);
xmlhttp.setRequestHeader("Connection", "close");
xmlhttp.send(params);

Ora in base a quello che mi consigli di fare posso risolvere mettendo la tua funzione qui:

params="pippo="+urlencode(var1)+"&pluto="+urlencode(var2)+"&paperino="+urlencode(var3);

poi nel file php a cui arrivano i POST farò:

$pippo=urldecode($_POST['pippo']);
ecc..

Ho capito bene?

Puoi provare così, ma quello che io ti consiglio realmente di fare, è di utilizzare il metodo ajax() o direttamente post() di jQuery per evitare alcun tipo di problema.
Non ha particolarmente senso implementare jQuery e poi scrivere le funzioni in Javascript.

Sto notando che i caratteri che converti nella tua funzione urlencode da quanto dicono qui sembrano già compresi in quelli che vengono convertiti con escape()

http(:)//www(.)javascripter(.)net/faq/escape(.)htm

Non proprio, se vedi all'interno della funzione è presente l'esacpe().

Vi sono casi in cui l'escape può essere ovviato.
In questa pagina trovi maggiori dettagli: phpbuilder.com/board/showthread.php?t=10318476

Un'altra buona funzione presa appunto dalla suddetta pagina, è la seguente: [PHP]function urlencode(str) {
return escape(str).replace(/+/g,'%2B').replace(/%20/g, '+').replace(/*/g, '%2A').replace(///g, '%2F').replace(/@/g, '%40');
}[/PHP]

Grazie adesso con calma provo a leggermela, ma ad esempio che tipo di problema potrei incontrare utilizzando solo escape()?

I problemi si affrontano durante la decodificazione in php, in quanto escape(js) e encode(php), non funzionano allo stesso modo. Quindi, quando il parametro lo devi decodificare in php, lo decodificheresti in modo errato.

Qui vedi come escape ed encode funzionano in modo differente:
http://cass-hacks.com/articles/discussion/js_url_encode_decode/

Ok, agendo in questo modo immagino che anche la conversione di caratteri al dei fuori dei primi 126 del funzionerà correttamente, ma mi chiedo, la corrispondenza esadecimale dei caratteri oltre il codice ascii in quel caso dove la trovo?

ad esempio guardando il codice ascii so che & diventera %26

ma se converto ù che diventa %F9 che tabella devo guardare per la conversione? Ciè come faccio a sapere in anticipo cosa diventera ù senza provarlo?

Ho inserito escape ed il problema sembra essersi risolto.
Lato server non è stato necessario inserire urldecode() perchè la conversione sembra essere stata fatta in automatico.

Mi è rimasto ora solo il problema di convertire caratteri come il simbolo dell'euro, che con escape() diventa nel database:

€ diventa %u20AC

Hai provato con urldecode se ti fa la sostituzione dell'euro?

In alternativa, effettua uno string replace di "%u20AC" con "€" oppure "€".

urldecode purtoppo non decodifica %u20AC
Ho in effetti fatto string replace ma da "%u20AC" a questo "?" e sembra funzionare correttamente.

Sai come viene generato questo valore "%u20AC"? (se ci sono tabelle di riferimento)