Sarebbe consigliabile fare prima di tutto l'upgrade del forum dalla 3.0.0 a quella più recente utilizzando i filtri messi a disposizione sul sito phpbb it oppure .com in modo tale che sia aggiornato anche il database alla nuova versione. A questo punto saresti già a posto, ma come mi sembra di intuire, vorresti poi dare una "rinfrescata" a tutti i files per averli senza mod.
Se è questo il caso, successivamente all'aggiornamento devi:
backup da ACP
backup da Phpmyadmin
backup del file config
Se vuoi dare una rinfrescata totale:
Fatto salve le cartelle
cache
download
files
images
store
cancello tutto l'esistente nella cartella /forum/.* ovvero dove è presente il mio phpbb.
Faccio l'upload della versione più recente di phpbb, eliminando la cartella INSTALL e sostituendo il file CONFIG con quello in mio possesso.
Torno a ripetere: evita di sovrascrivere le cartelle
cache
download
files
images
store
A questo punto, delle mod rimangono solo le tabelle nel database. Se sono state create ex novo all'atto dell'installazione della modifica, puoi successivamente cancellarle in modo tale da avere il DB pulito, anche se poi non è indispensabile perchè non sarebbero richiamate da nessun file.
Spero di essere stato a tema...