Immagino allora che tu abbia una soluzione del genere: un frame come homepage del sito, che richiama al suo interno le altre pagine che lo compongono.
Se hai comprato un "pacchetto" non è detto che si possa modificare (ad esempio: hai comprato dei "files" o uno spazio in cui pubblicano un tuo sito e che offre la possibilità di configurarlo?)...
Purtroppo ti confermo che i frames non aiutano il posizionamento... e per quanto riguarda le directory, scegli di inserire il dominio, se puoi, che contiene pagine con contenuti e link.
Altrimenti, se in ogni caso hai a disposizione solo una struttura a frame, tanto vale inserire il dominio principale.