@checkmate
sarebbe utile avere il codice con cui viene aperta la popup per dare una risposta precisa nel tuo caso.
in ogni caso se una popup viene aperta con il metodo
nome_popup= window.open();
otterrai un codice tipo questo
<html lang="it">
<head>
<meta charset="utf-8">
<title>Chiudere popUp</title>
</head>
<body>
<h1>Chiudere popUp</h1>
<script>
setTimeout(chiudiPopup, 3000);
function chiudiPopup() {
nome_popup.close();
}
</script>
</body>
</html>
Comunque sia quello che ti serve è setTimeout(), dove chiudiPopup è il codice che chiude la finestra tramite il metodo close(), mentre 3000 sono i millisecondi che intercorrosno tra l'esecuzione dello script e la chiamata al metodo.