Prova ad assegnare sia a "content" che a "sidebar" la proprietà "display: inline;".

Questo dovrebbe risolverti il problema.

In pratica IE6 raddoppia i margin-left e margin-light dei div che hanno posizionamento float: left e float: right; ma assegnando a questi la proprietà "display: inline;" non li raddoppia più.

Normalmente il menu fa riferimento sempre allo stesso foglio di stile e quindi non ti da problemi.
Se hai le impostazioni nella pagina html trasferiscile in un foglio di stile esterno altrimenti dovrai trovare un selettore comune o modificare tutte le pagine.

Ciao