Ciao Psygnosis,
se si crea un nuovo tema wordpress ad hoc basta mostrare i link o i widget relativi a Woocommerce solo nelle pagine in cui desideri così da avere una sezione del sito senza alcun riferimento allo store e un'altra con tutte le funzionalità dell'ecommerce. A mio avviso avere contemporaneamente due installazioni è macchinoso e poco efficiente per gli aggiornamenti e tutte le variazioni che poi dovranno essere fatte ogni volta per le due installazioni.
Spero di essere stato chiaro, nel caso chiedi pure