Ciao!
Il codice che hai scritto si chiama "commento condizionale" e devi inserirlo nella sezione <head> dell'index in questo modo:
<!--[if lte IE 6]>
<link rel="stylesheet" href=".../nomefile.css" type="text/css" />
<![endif]-->
attenzione che se sei in un index.php invece devi inserirlo così:
<!--[if lte IE 6]>
<link rel="stylesheet" href="<?php echo $this->baseurl ?>/.../nomefile.css" type="text/css" />
<![endif]-->
poi vai ad editare il css e a visualizzare il risultato con ie 6