Io alla fine ho risolto acquistando WS FTP che fa proprio questo, poi faccio il backup con Cobian Backup del contenuto scaricato tramite FTP.
Basta schedulare correttamente i tempi in sequenza (prima FTP, poi backup).
Cobian è freeware, WS FTP (nella versione professional che ha la possibilità di lanciare task schedulati, no purtroppo).
Da riga di comando non ho più ragionato.
Spero di essere stato utile.
Sherlock