Mi sembra che non ci sia nulla di strano.

Diciamo semplicemente che alcuni tuoi articoli vengono valutati buoni e altri no. Quando c'è il box di Google News da priorità a quello mentre quando scompare pesca la news in organico.

Spiegalo a Google
Se una pagina è raggiungibile da due url differenti ho contenuto duplicato. Questo è il tuo caso.
Rimuovi tutti i duplicati e successivamente verifichiamo il miglioramento.

Ciao