Provo a darti delle risposte.

Quando vendi un link in uscita dal tuo dominio ti consiglio assolutamente di metterci il nofollow, anche perché l'argomento di cui tratta il tuo sito è molto controllato (causa elevati guadagni e dunque grossa presenza di spam). Stesso discorso vale per le affiliazioni o i collegamenti verso siti che non ritieni sicuri.

Riguardo alle pagine tag, il discorso è un po' meno categorico.
Certamente de-indicizzandole tutte risolvi il problema alla radice, ma perdi tutte le visite da parte di Google su quelle pagine (ma sono così tante?).
Volendole salvaguardare, cercherei di renderle veramente utili per il lettore attraverso una gestione più oculata.

Mi spiego meglio: le tag devono essere popolate, diverse l'una dall'altra, aggiornate. Quindi, ad esempio:

"SSS" o "short stack strategy"; "roulette" o "probabilità roulette" o "vincere alla roulette" (semmai metti lo stesso post in "roulette" e in "probabilità"); ha senso una tag "poker"? Anche perché hai già una categoria con lo stesso nome...

Spero di aver chiarito la mia idea. Comunque sono abbastanza scettico che in un sito vi sia reale necessità sia delle categorie che delle tag (ovviamente è un'opinione personale, meno vera se il sito è davvero grande).
Gli archivi invece li abolirei senza pensarci su: alla fine non stai raccontando una storia con necessità cronologiche...

A livello tecnico, riducendo le tag sotto le percentuali indicate nel video dovresti comunque essere a riparo dallo spauracchio penalizzazione.

Scusa se mi sono dilungato un po' troppo in spiegazioni, spero di essere stato chiaro.