IMHO un serverweb dovrebbe avere una configurazione con i seguenti servizi:

SSH: amministrazione da remoto (possibilmente limitato a un certo numero di IP);
NTP: sincronizzazione dell'orario;
Apache + PHP: webserver;
MySQL (se possibile non in ascolto sulla porta 3306 ma raggiungibile solo via socket);
iptables oppurtamente configurato anche se assumo che il tutto sia gia' dietro un firewall e un router adeguatamente blindati.

Con un netstat -an dovresti vedere solamente le porte 80, 22 ed eventualmente la porta 3306.

Escluderei per ragioni di sicurezza:
telnet (assolutamente)
FTP
X-Windows

Inoltre non utilizzerei Fedora su un server pubblico ma una distribuzione piu' sicura:
Openwall
SE Linux
Engarde
Debian
Slackware