Ciao,
Direi di vederli come due cose separate ed effettivamente sono cosi.
Io linkerei l' e-Commerce dal menu principale del sito istituzionale una sola volta senza fare tanti inutili rimandi.
Quindi rispondendo alle tue due domande:
Dal sito istituzionale linko solo la home page dell'e-commerce o diversifico i link?
Si, linka solo la home page
Dall'e-commerce mi conviene inserire link verso il sito istituzionale?
No, lavorerei intensamente sull'e-commerce che mi porta ovviamente profitto e non rimanderei, l'utenza che sta valutando un acquisto, dallo shop al sito istituzione.