Ciao Pingus74,
non ho la risposta definitiva alla tua domanda (anche se credo si possa fare bene ottimizzazione per entrambi); l'unica cosa che sento di dover consigliare/ricordare - e perdonami se è un'ovvietà che già conosci - è di usare un dominio neutro .com (o .net, etc...) e non un ccTLD. Eviterai così di essere "blindato" su una nazione specifica, ti renderebbe gli sforzi di posizionamento molto più ardui.

Con un dominio "neutro" è possibile tramite le impostazioni di GWT indicare una geolocalizzazione preferita. Nel tuo caso dovresti vericare entrambi i siti, dominio e sottodominio, e indicare per essi la localizzazione preferita.
GWT permette anche di specificare la geolocalizzazione a livello di sottocartelle, sempre per domini neutri, per esempio nomesito.com/it/

Spero d'esserti stato utile