Hai capito esattamente.

Quello che vedi navigando è il risultato di operazioni più o meno complesse compiute sul server.
Tra cui la più semplice è proprio l'inclusione di vari pezzi di codice contenuti in file diversi.

Facendo riferimento alla documentazione dello script o semplicemente smanettando un po' con il codice, dovresti capire su quale file intervenire in modo tale da aggiungere l'apertura di una nuova finestra nella parte di pagina a ci fai riferimento.

Altrimenti non ti resta che sperare che si trovi a passare da qui qualcuno esperto di quello script, che sappia indicarti la strada precisa da percorrere.:)