in generale nessuno implementa il proprio script di affiliazione a mano

ci sono in giro validi script anche free, ti consiglio di dare un'occhiata a hotscripts.com oppure iDevDirect che è un diffusissimo script per il tracking

tecnicamente parlando tutto ciò che bisogna fare è fornire un link agli affiliati con un ID incorporato, il sistema riconosce l'ID e lo usa nelle successive chiamate alle altre parti del sito, oppure in base all'ID genera un cookie

il metodo più diffuso è quello dei cookie