Sì, è un procedimento penale. Al di là della formulazione del singolo bando di concorso, con la autocertificazione per legge si può dichiarare di "essere/non essere a conoscenza di essere sottoposto a procedimento penale" (Art. 46, comma 1, lettera bb del DPR 445/00). È infatti possibile che sia in corso nei nostri confronti un procedimento penale di cui non siamo ancora informati.
Non è il tuo caso: tramite la notifica che hai ricevuto, che è agli atti, non puoi negare di essere a conoscenza del procedimento. Negarlo potrebbe configurare anzi il reato di falso in atto pubblico, punito con il carcere fino a due anni. Va dichiarato, secondo me (ma non sono un avvocato).
Per quanto riguarda l'ammissibilità della domanda, essere indagati non è, automaticamente, motivo di esclusione. In base alla natura dell'indagine e del concorso, la commissione giudicante deciderà se integri o meno i requisiti. È chiaro che se il concorso è quello in magistratura, oppure il titolo di reato è molto grave, probabilmente la tua domanda verrà respinta; se il concorso non richiede proprio una situazione specchiata e magari l'indagine è bagatellare, potrebbe venir ammessa. Bisogna vedere caso per caso.
Considerata la delicatezza della questione, è FORTEMENTE consigliabile rivolgersi ad un buon avvocato (preciso di non essere un legale, perciò per favore non attenerti a quanto ti sto dicendo, considerali meri spunti da approfondire DI PERSONA con un legale) che legga per te il bando di concorso e ti aiuti ad affrontare nel modo più opportuno la situazione, anche indicandoti se ne vale la pena o meno.
Del resto un avvocato ti serve comunque per gestire il procedimento penale, quindi se ne hai già uno rivolgiti a lui o lei, altrimenti prendi due piccioni con una fava perché prima o poi te ne dovevi trovare uno.
Tanti saluti e un sincero in bocca al lupo per questa vicenda. Vedrai che si risolverà per il meglio.