Da Putty ci si deve loggare come root, e poi si deve dare il comando reboot.

Esempio:
ssh root@IP_SERVER e premere invio
root@ns1# reboot e premere invio

Per quanto riguarda il Plesk non lo conosco e non posso esserti d'aiuto, ovvero mi ci sono scontrato ma è troppo complicato e ingarbugliato per la gestione di un server. Molto meglio ISPconfig, per di più è opensource