@meshedp said:

Penso sia come dici tu, dato che i files sul mio dominio hanno tutti data 21/12/2012 (ovviamente le ultime modifiche erano di molti mesi fa) mentre l'altro dei quattro siti tutti data 19/12/2012 (idem come prima).

Ma vorrei capire... io non sono esperto.... è una vulnerabilità mia (ma se non trovo virus?) o è un buco del provider e fatalità ha beccato due siti che "gestisco" io?

Grazie per la tua risposta.
Non è escluso che sia un problema di permessi... hai provato a vedere se riesci a modificare i file? Inoltre se i file sono stati modificati più di un mese fa, perché nessuno si è accorto che i siti non funzionano? Cosa ti dice quando provi a caricare uno di quei siti?