Ottimo post menestra, ricco di spunti di riflessione..
Sarebbe interessante sapere cosa ne pensano gli altri sulle tue domande..
Se non dovessi avere tanti feedback, poi proveremo a splittare le domande in vari post, si potrebbero avere risposte interessanti.
Per quanto mi riguarda, ritengo giustissimo il discorso della divisione della business unit dalla presentazione e Pear con smarty sono una buona soluzione, uso spesso pear per quanto riguarda smarty un pò meno, spesso i template me li costruisco da solo, ma se il progetto cresce forse mi converrebbe affidarmi ad un gestore di template.
Per quanto riguarda i framework non ne uso nessuno ho in progetto di utilizzarne qualcuno per accelerare i tempi, ma al momento anche qui ti posso essere utile ..