Anche se con un ritardo cosmico voglio rispondere al thread.
In effetti, dopo aver smosso mari e monti, eravamo arrivati alla conclusione (confermata anche da chi lavora @bigG) che avere un unico dominio per più ONP non permetteva a Grants di riconoscerne l'eleggibilità di entrambe le onlus.
Questa situazione però, non è così, anzi posso affermare che Google accetta + ONP che abbiano un dominio identico.
La problematica da cui non riuscivo ad uscire era più a monte, andando ad esaminare tutte le impostizioni ho notato che il codice rilasciato da TechSoup anni fa non era associato ad una Non profit ma bensì ad una scuola (non chiedetemi il motivo). E' stato sufficiente chiedere un aggiornamento del numero NTEE (National Taxonomy of Exempt Entitie) al team TechSoup, attendere 24 ore per l'aggiornamento dei DB e tutto è tornato a funzionare.
Grazie @Halfmoon per il sostegno 
